Wissenschaftler/in - Omics Data Analyst (100 %) (m/w/d)

Für das vom BMEL geförderte Verbund-Forschungsvorhaben "Charakterisierung des genetischen und en-zymatischen Potenzials von Biogas-Mikrobiomen mittels Metaanalyse von Metagenomdatensätzen" - Teil-vorhaben "Phylogenetische und funktionelle Metaanalytik ausgewählter Zielorganismen" suchen wir zum nächstmöglichen Zeitpunkt, idealerweise zum 1. August, eine/n

Wissenschaftler/in - Omics Data Analyst (100 %) (m/w/d) für die
bioinformatische Auswertung von NGS-Datensätzen für mikrobielle Genome und Metage-nome

Am anaeroben Abbau von Biomasse ist eine Vielzahl Arten von Mikroorganismen mit unterschiedlichsten Stoffwechseleigenschaften beteiligt. Ein Großteil der in Biogasreaktoren nachweisbaren Arten ist aber bis-lang weder hinsichtlich seiner speziellen Stoffwandlungseigenschaften noch hinsichtlich seiner jeweiligen ökologischen Rolle innerhalb des mikrobiellen Systems Biogasreaktor ausreichend charakterisiert. Ziel des Verbundvorhabens ist eine tiefergehende Auswertung bereits vorhandener NGS-Datensätze mittels einer umfassenden bioinformatischen Auswertung unter Einbeziehung abiotischer Prozessfaktoren. Im Rahmen dieses Teilvorhabens soll die Zusammensetzung und Funktionalität mikrobieller Netzwerke auf Basis von derzeit verfügbaren Metagenom-Datensätzen untersucht werden. Ergänzend soll die genetische Information von mikrobiellen Isolaten aus Biogasreaktoren genutzt werden. Durch die Erzeugung und Auswertung neuer Genom- und Metagenom-Datensätze sollen dann ermittelte Datenlücken gezielt geschlossen werden [Maus et al. (2018): Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of microbial bio-films residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors. Biotechnology for Biofuels 11: 167. doi: 10.1186/s13068-018-1162-4].

Ihr Aufgabengebiet

  • Analyse der verfügbaren mikrobiellen Metagenom-Datensätze für Biogasfermenter unter besonderer Berücksichtigung ökologischer und funktionaler Zusammenhänge,
  • Analyse der Genome von mikrobiellen Isolaten aus Biogasfermentern,
  • Generierung und Bewertung von neuen Genom- und Metagenom-Datensätzen mit dem Ziel der Schließung ermittelter Datenlücken, z. B. in Form der Fertigstellung von draft-Genomen,
  • Anwendung von fragment recruitment Strategien zur Identifizierung von mikrobiellen Genomen und in silico rekonstruierten Genomen in Metagenom-Datensätzen,
  • Beteiligung bei der Erstellung von Berichten und Publikationen.

Unsere Erwartungen an Sie

  • Master oder Promotion in Bioinformatik, Computational Biology oder verwandten Disziplinen,
  • Interesse an anaeroben Vergärungsprozessen sowie an der Charakterisierung mikrobieller Netzwer-ke,
  • fundierte Kenntnisse in Genomics-Technologien mit Bezug auf mikrobiologische Fragestellungen,
  • praktische Erfahrung in der Analyse von NGS-Datensätzen,
  • praktische Erfahrung mit einer Linux / Unix-Umgebung und mit Skriptsprachen (z. B. R und/oder Py-thon),
  • wünschenswert sind Erfahrungen in der mikro- und molekularbiologischen Laborarbeit,
  • hochmotivierte und ergebnisorientierte Arbeitsweise mit der Fähigkeit, die Arbeitslast zu organisieren und zu priorisieren,
  • sehr gute mündliche und schriftliche Deutsch- und Englischkenntnisse,
  • Reisebereitschaft.


Wir bieten Ihnen

  • Mitarbeit in einem interdisziplinären Team in einem attraktiven Arbeitsumfeld,
  • Abwechslungsreiche Tätigkeit in der Wissenschaft,
  • Gelegenheit zur eigenverantwortlichen Ausgestaltung Ihres Arbeitsbereiches und die Möglichkeit zum Einbringen eigener Ideen,
  • Zugang zu nationalen und internationalen Netzwerken für Ihre wissenschaftliche Fortentwicklung,
  • Förderung der Vereinbarkeit von Beruf und Familie.

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Vorkenntnisse und Erfahrungen nach E 13 TV-L. Die Stelle ist auf 3 Jahre befristet. Nähere Auskünfte erhalten Sie von Dr. Michael Klocke (E-Mail: mklocke@atb-potsdam.de) und im Internet unter www.atb-potsdam.de.
Wenn Sie sich mit Ihrer Fachkompetenz in unsere interdisziplinäre Forschung einbringen wollen, dann be-werben Sie sich bis zum 09.06.2019 unter Angabe der Kennzahl 2019-1-5 per E-Mail (ein pdf-Dokument inklusive aller Unterlagen) unter karriere@atb-potsdam.de.
Chancengleichheit ist Bestandteil unserer Personalpolitik. Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt.
Mit der Bewerbung erklären Sie sich damit einverstanden, dass die Bewerbungsunterlagen auch im Falle einer erfolglosen Bewerbung für die Dauer von mindestens drei Monaten aufbewahrt werden.


Das Leibniz-Institut für Agrartechnik und Bioökonomie e.V. (ATB) beforscht als national und international agierendes Forschungszentrum die Schnittstelle von biologischen und technischen Systemen. Unsere For-schung zielt auf eine nachhaltige Intensivierung. Hierfür analysieren, modellieren und bewerten wir bio-ökonomische Produktionssysteme. Wir entwickeln und integrieren neue Technologien und Management-strategien für eine wissensbasierte, standortspezifische Produktion von Biomasse und deren Nutzung für die Ernährung, als Rohstoff und Energieträger - von der Grundlagenforschung bis zur Anwendung. Damit tragen wir bei zur Ernährungssicherung, zum Tierwohl, zur ganzheitlichen Nutzung von Biomasse und zum Schutz von Klima und Umwelt.

Leibniz-Institut für Agrartechnik und Bioökonomie e.V. (ATB)

Die Forschungsarbeiten des Leibniz-Institut für Agrartechnik und Bioökonomie e.V. (ATB) zielen auf die effiziente Nutzung limitierter Ressourcen und auf die Anpassung der landwirtschaftlichen …
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